Genius Loci (yerin ruhu) kavramı tasarımın başlangıç noktasını oluşturmuştur. Tasarlanan yeni yapının mevcut Troya yerleşimi ile biçim bazında yarışmaması ve mümkün olduğunca arkaik bir forma sahip olması amaçlanmıştır. Öngörülen arkaik form ile Troya Ören Yeri arasında dolaylı yoldan metaforik bir ilişki kurulmaya çalışılmıştır. Tasarlanan yapının formunun fonksiyondan ortaya çıkması amaçlanmıştır. Tarih boyu 10 farklı devirde yerleşim görmüş Troya Kenti, müze içerisinde 10 farklı kotta, lineer biçimde, kronolojik olarak kurgulanmıştır. Doğal topoğrafyaya koşut belirlenen kotlarda yavaş yavaş alt kota ulaşan ziyaretçi aynı zamanda ilk Troya yerleşimine de ulaşmaktadır. Yapı bir bakıma hacimsel gösterge olarak düşünülmüş; Troya yerleşimine koşut farklı kotlarda kurgulanan mekan gösteren olarak, Troya kültürü ise gösterilen olarak sembolize edilmiştir.